Stojković je 28. decembra 2012. godine bio uhapšen na radnom mjestu, a potom saslušan u zgradi Specijalnog tužilaštva u Podgorici, podsjećaju Vijesti.
Iz Vrhovnog tužilaštva tada je saopšteno da je Stojković tada tražio od tužiteljke Ljiljane Klikovac da ne pokreće krivični postupak protiv Rabrenovića, koji je nešto kasnije optužen da je prijetio novinarki ND Vijesti Oliveri Lakić.
Stojković je pred specijalnim tužiocem Đurđinom Ninom Ivanović tvrdio da nije nezakonito uticao na rad tužioca, već da je samo iskoristio njihovu poslovno-prijateljsku vezu, kako bi se raspitao slučaj za prijetnje novinarki.
Međutim iz Tužilaštva su tada saopštili da postoji sumnja da je Stojković “tokom posredovanja upozorio tužioca da bi dalje vođenje tog postupka ugrozilo napredovanje Veselina Veljovića na mjesto direktora Agencije za nacionalnu bezbjednost i Vladana Jokovića na mjesto direktora Uprave policije, ukazujući mu da su ova napredovanja navodno dogovorena na u političkom vrhu”.
Ministar unutrašnjih poslova Raško Konjević suspendovaće Sinišu Stojkovića do okončanja postupka koje je pokrenulo tužilaštvo, potvrđeno je Vijestima indirektno iz kabineta ministra, odakle je saopšteno da će “ministar kao i u slučaju policajaca iz Berana, postupiti u skladu sa zakonom”.
