Godine 1994. je postao predsjednik Demokratske stranke. Bio je poslanik u prva tri višestranačka saziva Narodne skupštine i u Vijeću republika Skupštine SRJ.
Nakon niza masovnih protesta zbog toga što je republička vlada poništila izbore tokom 1996/97, Đinđić je 21. februara 1997. postao predsjednik Skupštine grada Beograda. Sa Srpskim pokretom obnove Vuka Draškovića i Građanskim savezom Srbije Vesne Pešić stvorio je koaliciju „Zajedno”, koja se raspala samo četiri mjeseca nakon svoje pobjede.
Đinđić je smijenjen sa mjesta predsjednika Skupštine Beograda glasovima Socijalističke partije Srbije, Srpske radikalne stranke i Srpskog pokreta obnove.
Đinđić je ubijen u Beogradu na stepeništu zgrade sjedišta Vlade Srbije 12. marta 2003. u 12:23. Pogođen je jednom u grudi, metkom koji je probio njegovo srce i ubio ga skoro trenutno. Brzo je odveden u bolnicu, gdje je primjenjen odgovarajući postupak, ali je njegova smrt, ipak, proglašena jedan čas kasnije. Prema zvaničnom Vladinom saopštenju, Đinđić nije bio pri svijesti nakon dolaska u bolnicu. Njegov tjelohranitelj Milan Veruović je takođe bio teško ranjen u stomak od drugog hica.
Oba metka je, snajperom, sa 130 metara udaljenosti, ispalio policijski specijalac Zvezdan Jovanović, sa prozora zgrade Zavoda za fotogrametriju. Jovanović je tokom svoje završne riječi na suđenju povodom ubistva Zorana Đinđića izjavio da nikada nije na čovjeka pucao iz snajpera, odnosno da nije obučeni snajperista.
Svih 12 optuženih za ubistvo premijera Zorana Đinđića je osuđeno na dugogodišnje kazne zatvora. Milorad Ulemek i Zvezdan Jovanović osuđeni su na 40 godina.
Ubistvu tadašnjeg predsjednika Vlade je prethodilo nekoliko ranijih neuspjelih pokušaja ubistva. Najpoznatiji neuspjeli atentat izveden je u jutro 21. februara 2003. godine, kada je Dejan Milenković Bagzi, član tzv. zemunskog kriminalnog klana, vozeći kamionet auto-putem, kod Beogradske arene, pokušao da zaustavi automobil u kojem je bio premijer, dok su u zasjedi pored auto-puta, naoružani minobacačima i automatskim puškama, čekala četvorica atentatora. Ipak, Đinđić je, zahvaljujući djelovanju obezbjeđenja, izbjegao ozbiljne povrede i preživio pokušaj ubistva.
