Šainović je pred Tribunalom prvobitno bio osuđen na 22 godine zatvora, a Žalbeno vijeće mu je 23. januara smanjilo kaznu za četiri godine. Sud je još 31. marta odlučio da osuđeni služi kaznu u Švedskoj, ali ta odluka je tek danas objelodanjena.
Optužnica je teretila Šainovića za zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja na Kosovu od 1. januara do 20. juna 1999. godine. Među tačkama optužnice bila su deportacija i druga nehumana djela, ubistvo i progoni na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi s namjerom da prisilno raseli dio kosovskih Albanaca i promjeni etničku ravnotežu, na kojoj bi ponovo bila uspostavljena kontrola Beograda.
Zajedno sa Šainovićem bili su optuženi i bivši načelnik Generalštaba Vojske Jugoslavije Dragoljub Ojdanić, komandant Treće armije VJ Nebojša Pavković, komandant Prištinskog korpusa Vladimir Lazarević, načelnik MUP-a za KiM Sreten Lukić i bivši predsjednik Srbije Milan Milutinović.
Milutinović je oslobođen optužbi, Ojdanić je pravosnažno osuđen na 15 godina zatvora, Pavković na 22, Lazarević na 14, a Lukić na 20 godina. Šainović, koji je bio potpredsjednik Vlade od februara 1994. do novembra 2000. godine, predao se Tribunalu u maju 2002. godine.
