Plasman u nokaut fazu izborila su 24 tima iz grupne faze, a pridružiće im se 8 ekipa iz Lige šampiona – Olimpijakos, Zenit, Sporting, Atletik Bilbao, Anderleht, Roma, Ajaks i Liverpul.
Žrijeb parova šesnaestine finala Lige Evrope biće održan u poneđeljak, a predviđeno je da se ne sastaju ekipe iz iste države, ili timovi koji su se nadmetali u grupnoj fazi.
Nosioci će biti Salcburg, Dinamo Moskva, Inter, Everton, Fiorentina, Briž, Borusija Menhengladbah, Bešiktaš, Fejenord, Napoli, Dinamo Kijev, Legija, Olimpijakos, Zenit, Sporting i Atletik Bilbao.
Klubovi koji nisu nosioci su Seltik, PSV Ajndhoven, Dnjipro, Totenhem, Viljareal, Torino, Volfsburg, Jang Bojs, Olborg, Gengam, Trabzon, Sevilja, Anderleht, Roma, Ajaks i Liverpul.