Šišmakov je iz Beograda otišao zajedno sa drugim osumjnjičenim Vladimirom Popovom kao i sa ženskom osobom čiji identitet za sada nije poznat, redovnom linijom Aeroflota bez obzira na to što su bili pod nadzorom srpske Bezbjednosno informativne agencije (BIA) zbog brojnih dokaza o umiješanosti u pokušaj terorističkih napada.
Odlazak Šišmakova je bio rezultat intenzivnih pregovora Patruševa i vrha srpske države, poslije kojih je sekretar Savjeta bezbjednosti Ruske federacije - tek nakon što su Šišmakov i Popov stigli u Moskvu - doletio u Beograd i izdejstvovao oslobađanje još trojice agenata ruske Federalne službe bezbjednosti.
Motivi
Informaciju o pravim motivima dolaska Patruševa u nenajavljenu posjetu Beogradu, tačno deset dana nakon neuspješnog pokušaja prevrata u Crnoj Gori prvi su objavili beogradski dnevnici „Blic“ i „Danas“.
Vijesti o protjerivanju indirektno je potvrdio i premijer Srbije Aleksandar Vučić izjavom da medijske objave o odvođenju ruskih špijuna koji su odgovorni za pripremanje terorističkih napada „nijesu netačne“. Informacije o protjerivanju pripadnika FSB-a potvrdio je jedan od osumnjičenih Nemanja Ristić koji je u nekoliko presretnutih razgovora tvrdio da „će sve riješiti agenti FSB-a“. Pobjeda je ranije objavila, pozivajući se na izvještaj britanske istraživačke mreže Belingket i ruskog magazina Insajder, da je Eduard Šišmakov 2014. godine prisustvovao sjednicama Savjeta bezbjednosti Ruske Federacije u vremenu kada je sekretar tog tijela, kao i sada, upravo bio Patrušev.
Informacije Pobjede govore da je Šišmakov prisustvovao sjednici Savjeta bezbjednosti na poziv Vladimira Putina ili upravo Patruševa, a tema je bila istraga o padu aviona u kome je poginuo predsjednik Poljske Leh Kačinjski.
Šišmakov, je u obavještajnim krugovima postao interesantna ličnost nakon diplomatskog skandala u Poljskoj 2014. godine, kada je, sa više drugih osoba, optužen da je, kao zamjenik vojnog atašea u ruskoj ambasadi u Varšavi, vrbovao visoko pozicioniranog oficira poljske vojske za potrebe Rusije. Zbog djela špijunaže, Šišmakov je proglašen nepoželjnom osobom (persona non grata) i protjeran iz Poljske. Koliko je Šišmakov bio važan za ruske zvaničnike, govori podatak da je Moskva, kao kontra mjeru, protjerala iz Rusije dvojicu poljskih diplomata.
Što je, nakon neslavne epizode u Poljskoj, radio agent GRU-a, za sada nije poznato. Zna se, međutim, da se, kao Eduard Širokov sa pasošem izdatim u avgustu 2016. godine pojavio u Beogradu, u pratnji obavještajnog kolege Vladimira Popova.
Boravak Šišmakova u Beogradu i intenzivni kontakti sa ekstremnim desničarskim organizacijama Zavetnici, Ravnogorci i Vukovi nijesu promakle srpskoj bezbjednosnoj agenciji BIA koja je prisluškivala razgovore Šišmakova sa Sašom Sinđelićem svjedokom saradnikom Specijalnog tužilaštva.
U presretnutim razgovorima koje je snimila na nekoliko lokacija u Beogradu Šišmakov od Sinđelića traži da obezbijedi dobrog snajperistu, koji bi pucao na tadašnjeg premijera Mila Đukanovića.
Kako nije imao kontakt sa profesionalnim snajperistom, Šišmakov je tražio, ispostaviće se uzaludno, da on sam obavi taj zadatak. Sinđelić je u iskazu pred Tužilaštvom saopštio i da je planirano ubistvo svjedoka saradnika Mirka Paja Velimirovića, jer su Rusi posumnjali da ih je, kako je kazao, izdao. Prilikom predaje BIA je od Sinđelića zaplijenila ukupno 125 hiljada eura koje mu je dao upravo Šišmakov.
Pobjeda