Ozloglašeni narko-bos ženio se četvoro puta i ima najmanje desetoro djece.
1977. godine prvi put se oženio Alehandrinom Mariom Salazar Hernandez na maloj ceremoniji u gradiću Jesús Maríja i s njom je dobio najmanje troje djece.
S 30 godina oteo je djevojku pod imenom Estela, s kojom je u početku imao seksualne odnose da bi se kasnije vjenčali.
Već sredinom osamdesetih godina prošloga veka bio je u trećem braku s Griseldom Lopez, s kojom je dobio četvoro djece.
U decembru 2007. godine El Čapo je oženio kraljicu ljepote Emu Koronel Aispuro, ćerku jednog od čelnih ljudi kartela Sinaloa. Sa Emom Čapo je dobio dvije ćerke.
Otkako je narko-bos uhapšen, Emi nisu dozvoljavali da posjećuje supruga u zatvoru.
Ema se za Čapa udala kada je imala 18 godina, a on se zaljubio u nju na prvi pogled kada ju je vidio na jednom takmičenju u ljepoti. Tada se pobrinuo da upravo ona pobijedi na takmičenju. Često je zbog izgleda porede sa američkom starletom Kim Kardašijan.
Vjenčanje narko-bosa i mlađane Eme održano je 2007. godine, a na ceremoniji je bilo svega nekoliko zvanica.
Pogađate, nju je čuvala oružana vojska Guzmanovih ljudi, a 2012. godine stigle su krune njihove ljubavi - bliznakinje koje je Ema rodila u Los Anđelesu. Ime njihovog oca nije upisano u rodni list, jer je u to vrijeme njegova glava bila ucijenjena na pet miliona dolara.
