Mišel je četvrtinu vijeka u braku s televizijskim scenaristom i producentom, autorom brojnih poznatih serija Dejvidom E. Kelijem.
Uz zajedničku fotografiju, nastalu tokom intimne proslave godišnjice braka, na kojoj nazdravljaju bijelim vinom, Mišel Fajfer opisala je kako se osjeća u braku: "...Ja sam posljednjih 25 godina najsrećnija žena na svijetu."
Par se upoznao u januaru 1993. godine kada su im prijatelji organizovali sastanak naslijepo. Iako ništa nije išlo po planu, Keliju je Mišel "zapala" za oko, pa je već sljedeće nedjelje pozvao u bioskop. Veza je od samog početaka bila ozbiljna, samo 10 mjeseci kasnije par se vjenčao, a tog istog dana krstili su i svoju usvojenu kćerku Klaudiju Rouz.
Tačno devet mjeseci kasnije rodio se i njihov zajednički sin, kome su dali ime Džon Henri. Upravo zbog činjenice da su roditelji postali i prije braka, a potom im se rodio i sin, Mišel Fajfer i Dejvid E. Keli nikada nijesu otišli na medeni mjesec.
"Možda se upravo zbog toga svega još uvijek nijesmo zasitili jedno drugoga i digli ruke od nas, jer je naš fokus sve vrijeme bio usmjeren na nešto drugo. No to ne znači da uzimamo naš brak zdravo za gotovo. Još uvijek, barem jednom nedjeljno, imamo male, romantične izlaske na večere. Samo nas dvoje", izjavila je svojevremeno lijepa glumica.
