Milanović je izdržao desetogodišnju kaznu zatvora zbog odgovornosti za pogibiju 16 radnika RTS u NATO bombardovanju 23. aprila 1999. godine. U presudi se navodi da nije preduzeo mjere da se zaposleni te noći zaštite i evakuišu.
Nekadašnji direktor RTS je jedan od rijetkih osuđenika koji je svoju zatvorsku kaznu odslužio u cjelosti, iako je na početku umesto da se javi u zatvor po pravosnažnosti presude, pokušao da se skloni u Crnoj Gori, gdje je uhapšen. Neko vrijeme u zatvoru je imao privilegije i dospio je u otvoreni tretman, ali su mu one brzo ukinute nakon reakcije porodica žrtava tragedije.
Protiv Milanovića se vodi još jedan sudski proces, koji je u završnoj fazi i u kome se presuda očekuje vrlo brzo. U tom procesu tereti se za nezakonitu dodjelu stanova takozvanim „deficitarnim kadrovima“ RTS krajem devedesetih. Na sljedeće ročište u tom suđenju zakazanom za 17. septembar, Milanović će u Palatu pravde „doći sa slobode“. Sutkinja Vera Vukotić najavila je da će biti saslušani vještak i dva svjedoka, zakazane završne riječi, poslije čega će uslediti prvostepena presuda.
Milanović je negirao navode optužnice i, između ostalog, u svojoj odbrani naveo da je postupak protiv njega politički montiran i da se ne osjeća kao osuđenik, već „kao ratni zarobljenik NATO pakta i njihovih saradnika u Srbiji“.
