Mitropolit Amfilohije se usprotivio svođenju vjera na vladinu kancelariju i tražio da ta odluka bude još jednom preispitana. Kao razlog za svoje protivljenje naveo je to što je srpsko Ministartstvo vjera do sada pomagalo crkve i bogoslovije u Crnoj Gori, koje nemaju,kako on kaže“ podršku vlade te države“. Ukidanjem pomoći iz Srbije, SPC u Crnoj Gori, prema njegovom mišljenju, bila bi stavljena u težak finansijski položaj.
Na Amfilohijeve nedoumice oko ukidanja Ministarstva vjera umjesto mandatara Ivice Dačića odgovorio je vladika bački Irinej Bulović, koji je Amfilohija optužio da ne razumije problematiku o kojoj govori. Irinej je Amfilohiju spočitao da ne treba da se bavi ministarstvom države u kojoj ne živi pošto u matičnoj Crnoj Gori ne može „ni da sanja“ o demokratskom modelu u rješenju državno-crkvene problematike.
- Ministarstvo vjera, kao samostalan organ, ne postoji nigdje, ni u jednoj savremenoj evropskoj državi, uključujući i Republiku Srpsku kao državni entitet, pa i Crnu Goru, međunarodno poznatu kao Montenegro, a u islamskom svetu kao Karadag - ironičnim tonom je u saopštenju dostavljenom medijima odgovorio Irinej sugerišući da je razlog za ukidanje ovog ministarstva štednja i racionalizacija državne uprave piše Alo.rs. Irinej, koji se prošle godine posvađao sa DS-om oko Zakona o restituciji, naglasio je da su mandatar Dačić i svi koji će činiti novu vladu Srbije pokazali apsolutno dobru volju i namjeru da se angažuju na afirmisanju vjerskih sloboda i unapređenju saradnje države sa crkvama i vjerskim zajednicama. Dobri odnosi vladike bačkog sa socijalistima datiraju još iz devedesetih godina dok je mitropolit Amfilohije bio najbliži DSS-u Vojislava Koštunice, a potom i Borisu Tadiću za vrijeme njegovog predsednikovanja. U razgovoru za „Alo!“, mitropolit je izjavio da, uprkos strijelama koje je put njega odapeo Irinej, ne želi da mu odgovara preko novina.
- Nemam ništa da kažem na ono što je izjavio Irinej i ne želim da se prepucavam preko medija - kratko je rekao Amfilohije.
