Poslije akcije "Sablja" preuzeo je komandu nad odbjeglim "zemuncima", kao i rukovođenje podzemljem. Od 2001. do 2005. godine, po njegovom nalogu, uglavnom u izvođenju Sretka Kalinića, likvidiran je Branko Jeftović Jorga, pokušana su ubistva Zorana Nedovića Šoka, kao i Andrije Draškovića.
Postoje indicije da je tokom 2005. Bojović otišao u Španiju. Povezao se sa Hrvojem Petračem, sa kojim je imao veze još iz Legije stranaca. Razdor među odbjeglim članovima zemunskog klana počeo je 2005. godine. Sumnja se da je, po nalogu Bojovića, Kalinić ubio Milana Jurišića Jureta, kao i da je sam učestvovao u zločinu.
- Kalinić je ispričao da je, po nalogu Bojovića, osim Jurišića, ubijen i Ninoslav Konstantinović - priča izvor „Novosti“ blizak istrazi. - Motiv ovih smaknuća treba tražiti u činjenici da ni Konstantinović ni Jure, osim Dušana Spasojevića, nikog drugog nisu mogli da prihvate kao autoritet. I Spasojević je sa njima zbog toga imao problema. I njemu su se suprotstavljali. Bojović je, međutim, morao da učvrsti "organizaciju" i kazni "neposlušne", kako bi ostalima pokazao koliko je čvrst.
Prva pomoć "Zemuncima"
Bojović je znao da se sprema ubistvo premijera i pripremio je odstupnicu - navodi izvor „Novosti“ iz srpske policije.
- Pored toga, "zemunci" su od njega očekivali podršku tokom skrivanja, posebno Legija s kojim se upoznao na ratištima u bivšoj SFRJ, u Arkanovoj gardi. Ima jakih indicija da je organizovao i finansirao njihovo bjekstvo, a to sada potvrđuje i Sretko Kalinić.
Bojović se dovodi u vezu i sa likvidacijom dojučerašnjeg kompanjona iz Holandije, Marufa Mrzića. Navodno je za to dobio pola miliona eura, a razlog je što se Mrzić priklonio njegovom, odnosno Holenderovom neprijatelju - Sretenu Jociću.
Prema nekim informacijama, Bojovićeva ekipa je za života Spasojevića i Lukovića organizovana kao spoljni prsten klana, zadužena za ulično rasturanje narkotika, posebno kokaina. Tokom "Sablje", odbjegli "zemunci", zahvaljujući njegovim crnogorskim vezama, prelaze u ovu zemlju, a potom bježe dalje ka Španiji, Holandiji, BiH, Hrvatskoj...
Ipak, "zemunci" za kojima je raspisana potjernica nijesu bili voljni da slušaju Bojovića. Da je slijedio njegova uputstva, a nije, Aleksandar Simović ne bi 2006. godine bio uhapšen u Beogradu. Bojović je, kako se sumnja, bio veza između ovog "zemunca" i njegove supruge Zorane, sa kojom je i pronađen u stanu, kod Sava centra.
Kako je došlo do sukoba Bojovića i Jocića, zbog čega je na obje strane bilo mrtvih, ima različitih verzija. Najbliža istini je ona po kojoj je u središtu ovog rata - Legija. Navodno, riječ je o kriminalnim poslovima u Bugarskoj, ali i namiještanju hapšenja Joce Amsterdama u Sofiji.
Tvrdi se da su u ratu između Luke Bojovića i Sretena Jocića, a po nalogu Legije, ubijena trojica Amsterdamovih kumova - Srđan Miranović u Podgorici, Zoran Golub u Istočnom Sarajevu i Uglješa Aranitović, zvani Ugo, u Beogradu. Aprila 2008. godine ubijeni su Goran Marić, Jocićev prijatelj i Ilija Novović, Bojovićev kum. Njihova tijela pronađena su u istom, zapaljenom džipu.
Do danas je ostalo nerazjašnjeno zašto se Bojović okrenuo protiv Novovića, koji je imao veliku ulogu u samom klanu, i svojevremeno je direktno povezivao Spasojevića i Bojovića (prvi i drugi prsten ganga). Upućeni navode da je osnovni razlog taj što se približio smrtnom neprijatelju Sretenu Jociću, ali je imao i jednu slabost koja se nije dopala Bojoviću. O toj Novovićevoj slabosti postoje i fotografije napravljene u jednom stanu iza Palate pravde u Beogradu. Te dvije činjenice dovele su do njegovog smaknuća.
O vezama Luke Bojovića i najvećeg narko-bosa na ovim prostorima Darka Šarića policija ima dosta saznanja. Međutim, onog trenutka kada je počelo da se ruši carstvo ovog Pljevljaka, Beograđanin je počeo da uklanja sve koji bi mogli da ukažu na tu vezu i da ga ugroze. To se, kako se sumnja, prije svega odnosi na Sretka Kalinića, koji je imao informacije o slovenačkim vezama Bojovića i Šarića, kao i ilegalnim kanalima za rasturanje narkotika ka zemljama zapadne Evrope.Ceh sukoba Kalinića i Bojovića platio je životom Bojovićev kum - Cvetko Simić.
Djelovi Simićevog raskomadanog tijela nađeni su u zagrebačkom jezeru Jarun. Nekoliko mjeseci kasnije, i glava ovog Beograđanina. Iz sukoba Kalinića i Simovića, za istragu je proizašla i jedna dobra stvar - cijela priča o Bojoviću je počela da se odmotava. Od likvidacija iz 2004, preko otmice i ubistva svjedoka-saradnika Zorana Vukovića Vuka, do naručenih i organizovanih zločina u regionu, u proteklih pet godina.
Poslije godinu i po uslijedila je akcija "Zoo-vrt" u Španiji. Time je drugi prsten zemunskog klana - eliminisan.
