Prije nekoliko dana, nakon razgovora sa selektorom Vicenteom del Bosqueom i direktorom reprezentacije Fernandom Hierrom, obećao je da će još razmisliti o svojoj odluci, ali nakon što je Španija postala svjetski prvak, Puyol je zaključio da je sa nacionalnom ekipom postigao sve što je mogao.
O svojoj konačnoj odluci, tvrdi tiražni madridski dnevnik, pouzdani bek već je informisao Del Bosquea i Hierra, zatražio je čak da ne bude u kadru ni za prijateljsku utakmicu protiv Meksika. Marca navodi da je Del Bosque pokušao da nagovori Puyola da dođe do brojke od 100 nastupa u reprezentativnom dresu, no Barcelonin kapiten je to odbio.
Ostaće tako zapisano da je za Španiju odigrao 90 utakmica, a zanimljivo je da je debitovao u novembru 2000. protiv istog suparnika protiv kojeg je i zaključio karijeru - Holandije. Postigao je ukupno tri gola, a najvrednije je svakako onaj kojim je Španiji donio pobjedu od 1-0 protiv Njemačke u polufinalu nedavnog SP-a.