Javna sjednica je održana u specijalnoj sudnici Okružnog zatvora u Beogradu iz razloga bezbjednosti.
Obrazlažući svoju žalbu na javnoj sjednici Apelacinog suda Simović je podsjetio da je on priznao da je učestvovao u pripremama za atentat, kao i da se pokajao zbog svojih postupaka.
Simović smatra da su to olakšavajuće okolnosti za njega koje bi sud trebalo da cijeni i da mu ublaži kaznu.
Kalinićev branilac Slavko Petrić predložio je Apelacionom sudu da njegovog branjenika oslobodi optužbi ili da ga eventualno osudi za znatno lakše krivično djelo - pomoć učiniocu poslije izvršenja krivičnog djela, jer Kalinić, kako tvrde, nije učestvovao u atentatu.
Tužilastvo za organizovani kriminal nije ulagalo žalbu na prvostepenu presudu Specijalnog suda, ali je podnijelo svoj odgovor na žalbe osuđenih.
U žalbama je navelo da je presudom u potpunosti utvrđena njihova krivična odgovornost i da su osuđeni u skladu sa zakonom.
Sudije Apelacinog suda razmatraju žalbe Simovićeve i Kalinićeve odbrane na presudu Specijalnog suda od 24. okrobra 2011, poslije ponovljenog suđenja koje im je odobreno, jer su prethodno bili osuđeni u odstustvu.
Prvom presudom Specijalnog suda od 23. maja 2007. Simović je bio osuđen na 30 godina zatvora, a Kalinić na 35 godina zatvora, ali mu je Apelacioni sud u pravosnažnoj presudi u decembru 2008. kaznu smanjio na 30 godina.
Sud im je odobrio ponavljanje procesa pošto su obojica bili u bjekstvu više od sedam godina, pa su u odsustvu pravosnažno osuđeni na po 30 godina zatvora zbog učešća u ubistvu premijera.
Ta odluka ostaje na snazi sve do izricanja nove pravosnažne presude, koju će im izreći Apelacioni sud nakon razmatranja žalbi. Kalinić i Simović su osuđenji i zbog niza ubistava, otmica i drugih krivičnih djela u procesu protiv "zemunskog klana" na po 40 godina zatvora, a uskoro ih očekuje ponovljeno suđenje i za ta krivična djela.
Oba postupka ponavljaju se samo u odnosu na njih dvojicu, ali ne i u odnosu na ostale osuđene.
Na 40 godina zatvora zbog organizovanja ubistva premijera osuđen je nekadašnji komadant Jedinice za specijalne operacije Milorad Ulemek Legija, dok je njegov zamjenik Zvezdan Jovanović na istu kaznu osuđen jer je lično ubio premijera Đinđića 12. marta 2003. godine na ulazu u zgradu Vlade Srbije i tom prilikom ranio šefa njegovog obezbjeđenja Milana Verulovića.
Vrhovni sud je 29. decembra 2008. godine u drugostepenom postupku potvrdio presude svim optuženim u prvostepenom postupku pred Specijalnim sudom, izuzev Kaliniću kome je presuda preinačena sa 35 godina zatvora na 30 godina, Željku Tojagi Žmigiju sa 30 godina na 5 godina i Dušanu Krsmanoviću sa 30 godina na 20 godina zatvora.
Aleksandar Simović, Ninoslav Konstantinović i Vladimir Milisavljević osuđeni su na po 35 godina zatvora, a na po 30 godina osuđeni su Miloš Simović, Milan Jurišić Jure i Branislav Bezarević, dok je Saša Pejaković osuđen na osam godina zatvora.
Optuženi za ubistvo premijera Srbije Zorana Đinđića osuđeni su u drugostepenom postupku pred Vrhovnim sudom na ukupno 348 godina zatvora, dok im je prvostepenom presudom Specijalnog suda 23. maja 2007. godine izrečeno ukupno 378 godina zatvora.
Vođe zemunskog klana Dušan Spasojević i Mile Luković stradali su 27. marta 2003. godine prilikom pokušaja hapšenja u selu Meljak kod Beograda a policija je tada saopštila da su pružali oružani otpor. Vladimir Milisavljević je uhapšen zajedno sa Lukom Bojovićem u Španiji pa bi nakon izručenja i on mogao da traži ponavljanje suđenja, dok je španska policija utvrdila da je Milan Jurišić Jure ubijen. Traga se još samo za preostalim pripadnikom "zemunskog klana" Ninoslavom Konstantinovićem.
Miloš Simović se u noći između 9. i 10. juna 2010. godine predao graničnoj policiji Srbije na prelazu sa Hrvatskom, dva dana nakon što je u Zagrebu teško ranio Kalinića, s kojim se, kako sumnja tužilaštvo, skrivao više od sedam godina (od ubistva premijera).
Kalinić je 8. juna 2010. godine uhapšen u Hrvatskoj, a 25. avgusta izručen Srbiji. On je bio prvi hrvatski državljanin koji je ekstradiran po Sporazumu o međusobnom izručenju sopstvenih državljana između Srbije i Hrvatske.
Poslije izricanja prvostepene presude Specijalno tužilaštvo pokrenulo je istragu za političku pozadinu ubistva premijera i tim povodom 21. jula 2007. godine uhapsilo bivšeg beogradskog okružnog tužioca Radeta Terzića, koji je nedavno prvostepenom presudom suda u Smederevu oslobođen optužbi.
Njemu se sudilo zbog optužbi da je kao tužilac uticao da vođe "zemunaca" Spasojevića i Lukovića krajem 2001. budu pušteni iz pritvora u kom su bili zbog sumjne da su organizovali otmicu Miloslava Misksovića.
"Njihovim puštanjem na slobodu omogućeno je organizovanoj kriminalnoj grupi da nastavi da planira i izvršava krivična djela (ubistva i otmice), sve do samog atentata na srpskog premijera Zorana Đinđića, 12. marta 2003. godine", navodi se u optužnici protiv Terzića. Oslobađajuća presuda još nije postala pravosnažna.
Poslije godina zastoja u istrazi o političkoj pozadini tužilaštvo za organizovani kriminal izdalo je u septembru 2011. nalog za hapšenje pripadnika rasformirane JSO zbog učešća u oružanoj pobuni JSO u novembru 2001. koja je, kako smatra Tužilaštvo, bila uvertira u kasniji atentat na premijera.
Početkom marta tužilaštvo je podiglo optužnicu protiv nekadašnjeg komandanata JSO Milorada Ulemeka Legije, Duška Maričića Gumara i Zvezdana Jovanovića, koji služe svoje višedecenijske kazne zatvora.
Optuženi su i bivši pripadnici JSO Veselin Lečić, Mića Petraković, Dragoslav Krsmanović, Vladimir Potić i Dragiša Radić.
