Glavne promjene koje Ugovor donosi u institucionalnom ustrojstvu EU, su uvođenje dužnosti stalnog predsjednika Evropskog vijeća, kao i visokog predstavnika za spoljnju politiku i zajedničku bezbjednost, koji istovremeno obavlja i dužnost potpredsjednika Evropske komisije. Podsjetimo, čelnici EU-a su za predsjednika izabrali dosadašnjeg belgijskog premijera Hermana van Rompuja (na slici), a za visoku predstavnicu Britanku Ketrin Ešton. Novim promjenama ukida se i institucija rotirajućeg predsjedništva Evropskog vijeća. Lisabonski ugovor povećava broj političkih područja na kojima će Evropski parlament imati pravo suodlučivanja zajedno s članicama. Radi se o osjetljivim područjima kao što su pravosuđe, sigurnost i imigracija, a nacionalni parlamenti prvi put dobijaju mogućnost da kažu svoje mišljenje pri donošenju evropskih zakona. Novi ugovor predviđa povećanje broja područja u kojima se odluke donose kvalifikovanom većinom umjesto jednoglasno, posebno na polju saradnje u pravosuđu i unutrašnjim poslovima. Uvodi se i novi sistem glasanja, po kojem najmanje 55 posto članica koje predstavljaju najmanje 65 posto stanovništva mora glasati za novi zakon da bi on prošao. Takođe, po prvi put se uvodi mogućnost da bilo koja zemlja članica može napustiti Evropsku uniju pod uslovima o kojima mora pregovarati sa svojim partnerima.
