Preduzeće je započelo rad sa skromnim resursima i u začecima stvaranja naftne privrede bivše Jugoslavije.
Period od 1947. do 1957. karakteriše početak izgradnje objekata – prvog skladišta, a zatim i benzinskih stanica. Započeta izgradnja skladišta na Ljutoj, u Titogradu i Nikšiću. Prva benzinska stanica na električni pogon sagrašena je 1954. u Titogradu, a zatim i benzinske stanice u Kotoru, Baru, Cetinju, Kolašinu i Andrijevici.
Period od 1957. do 1967. obilježava nagli rast potrošnje naftnih derivata zbog razvoja ostalih privrednih djelatnosti u Crnoj Gori. 1964. prvi put počinje potrošnja lož ulja – mazuta.
Pravi veliki razvoj skladišnih kapaciteta odvijao se od 1965. do 1974. Prva faza izgradnje petrolejske instalacije u Baru započeta je 1964. Ova petrolejska instalacija je tada bila najmodernije postrojenje na Balkanu.
Od 1970. godine Jugopetrol dobija pravo i na istraživanje hidrokarbonata na teritoriji Crne Gore, i sve do danas, na ovom polju, sarađuje sa stranim i domaćim partnerima.
U period od 1992. do 1996. godine Jugopetrol posluje kao Javno preduzeće za istraživanje, eksploataciju i promet nafte i naftnih derivata, a decembra 1996. godine transformisan je u Akcionarsko Društvo.
„Jugopetrol” je 1973. dobio pravo istraživanja i eksploatacije nafte na kopnu i podmorju Crne Gore.
Od oktobra 2002. godine Jugopetrol je u sastavu velike Hellenic Petroleum Grupe. Nakon potpisivanja kupoprodajnog ugovora većinski vlasnik Jugopetrola postala je renomirana i poznata grčka naftna kompanija Hellenic Petroleum. Od tada maloprodajna mreža kompanije posluje pod komercijalnim brendom „EKO“, poznatim i cijenjenim u osam zemalja Jugoistočne Evrope.
Sjedište Jugopetrola od 2014. je u Podgorici.
