Nakon invazije pet zemalja Varšavskoga pakta na Čehoslovačku, Palah je sam sebe zapalio i tako postao simbol savremene borbe Čeha i Slovaka za slobodu.
Prema pismu adresiranom javnim ličnostima, cijela organizacija otpora je osnovana sa ciljem da upražnjava samospaljivanje dok se njihovi zahtjevi ne ispune. Zahtjevi u pismu ticali su se ukidanja cenzure i prestanak distribucije zvaničnog glasila okupatorskih snaga Sovjeta zvanog Zprávy. Pored toga Palah je u pismu iznio zahtjeve da narod Češke i Slovačke pristupi generalnom štrajku kao podrška zahtjevima. U ranijim nacrtima pisma tražene su ostavke političara naklonjenih sovjetima.
Prema Jaroslavi Moserovoj, specijalisti za opekotine koja mu je prva pružila pomoć, Palah nije izvršio samospaljivanje kao protest protiv prosovjetske vlasti, već kao protest protiv „demoralizacije” čehoslovačkog naroda.
Prvobitno je sahranjen na groblju Olšani. Kako je njegovo grobno mjesto prijetilo da preraste u nacionalni simbol, tajna policija Čehoslovačke pokušala je da uništi svako sjećanje na njega. Njegovi posmrtni ostaci su ekshumirani, zatim je kremiran i poslat porodici, dok je anonimna žena sahranjena u njegovom grobnom mjestu.
Palahovoj majci nije bilo dozvoljeno da urnu odnese na lokalno groblje do 1974. godine. Urna je vraćena na prvobitno mjesto u Pragu tek 25. oktobra 1990. godine. Sahrana Jana Palaha pretvorila se u opšti protest protiv tadašnje političke situacije u kojem se nalazila Čehoslovačka. Mjesec kasnije, 25. februara 1969. godine, još se jedan student, Jan Zajic, takođe samospalio na istom mjestu.
Dva mjeseca nakon toga, u aprilu, Evžen Plocek je učinio isto u češkom gradu Jihlava. Osim trenutnog šoka, samozapaljenja nijesu imali drugog efekta na političko stanje u zemlji.
