Crkva sv. Mihaila spada među najzanimljivije sakralne objekte Kotora, kako po svojoj arhitekturi tako i po zidnom slikarstvu. Rješenje o proglašenju spomenika kao reprezenta sakralne arhitekture ovih prostora donešeno je 1962. godine.
Crkva se nalazi u središnjem dijelu Kotora, na pjaceti koja je nastala rušenjem ogradnog zida nekadašnjeg samostana uz crkvu Gospe od Anđela. Prije sanacionih radova nakon zemljotresa 1979. godine ova građevina je ličila na bilo koju civilnu zgradu, sa drvenom međuspratnom konstrukcijom, otvorima na dva nivoa, vratima. Jedino što je povezivalo sa crkvom su bili apsida, poluzazidani gotički prozor kao i izgled enterijera koji je zadržao gotički svod i bio podijeljen na tri traveja nosećim lukovima.
Prvi put se pominje 1166. godine, kada osvećenju Katedrale Sv. Tripuna prisustvuje i opat crkve sv. Mihaila iz Kotora – Petar. Tada se crkva nalazila u sastavu benediktinske opatije. Prvobitna crkva čiji ostaci su arheološki potvrđeni bila je mnogo većih dimenzija od današnje. Pronađeni su brojni fragmenti preromaničkih reljefa, prema kojima se nastanak građevine može vezati za 11. vijek. Tokom arheoloških istraživanja došlo se do zaključka da i ona leži na starijem hramu, na temeljima ranohrišćanske bazilike iz 6. vijeka.
Današnja crkva je jednobrodna građevina sa polukružnom apsidom. Prema arhitektonskim detaljima današnjeg izgleda kao vrijeme gradnje se uzima kraj 14. vijeka ili početak 15.
Osnova joj je bila podijeljena na četiri traveja. Unutrašnjost crkve, prvobitne i sadašnje je bila oslikana freskama. Na sjevernom zidu starijeg arhitektonskog sloja, do apside vidljivi su ostaci fresaka, donji djelovi svetiteljskih figura, koji se mogu datovati u 11. vijek.
Pišući o njima i njihovoj važnosti istoričar umjetnosti Rajko Vujičić kaže:
“Arheološka istraživanja izvedena posljednjih godina, već su dala zanimljive podatke o prvobitnoj crkvi od koje je djelimično sačuvana apsida i dio zida do visine 120 cm. Na tom dijelu zida evidentiran je fresko malter, koji nas uvjerava da je unutrašnjost prvobitne crkve bila živopisana.
Ono što se od tog živopisa za sada može raspoznati jesu donji djelovi stojećih svetitelja, vjerovatno arhijereja. Iako fragmentarnost ne dozvoljava sigurnije zaključke, ipak rustikalni crtež izveden debelim linijama na okernoj osnovi i plavoj pozadini ukazuje da se radi o preromaničkom slikarstvu, poput onog u Crkvi Sv. Mihaila u Stonu iz druge polovine 11. vijeka. U nedostatku valjanih podataka koji bi omogućili bolju analizu i eventualnu komparaciju sa ostacima romaničkog živopisa u Boki Kotorskoj i susjednim oblastima, za sada bi se, maker hipotetično, ovaj živopis mogao vezati za 11. vijek.” navodi Vujičić.
Freske drugog sloja, vezane za postojeću građevinu prekrivaju istočni zid sa apsidom. Među sačuvanim freskama nalazi se sv. Tripun sa modelom grada Kotora u ruci. Ove freske koje su oslikane sredinom 15. vijeka pripisuju se Kotoraninu Lovru Marinovom Dobričeviću, jednom od najznačajnijih gotičkih slikara ovog dijela Jadrana.
Na spoljnim zidovima vidljive su ugrađene spolije sa preromaničkim natpisima i ukrasima. Ove koje danas možemo vidjeti su kopije kojim su zamijenjene originalne spolije tokom konzervatorskih i restauratorskih radova. Originali zajedno sa drugom kamenom plastikom pronađeni na ovom vrijednom objektu čuvaju se u crkvi.
Tokom 2004. godine u Crkvu Sv. Mihaila je smješten i za javnost otvoren kotorski Lapidarijum. To je bilo privremeno prostorno rješenje, do pronalaska adekvatnog prostora. Kako još nije nađen, lapidarijumska postavka i danas je izložena u Crkvi Sv. Mihaila. Predmeti kamene plastike Lapidarijuma u Kotoru čine jedinstvenu grupu spomenika naše prošlosti, koja je među najbogatijima i najznačajnijima u Crnoj Gori i na jugoistočnoj obali Jadrana. Ipak, mora se naglasiti da većina eksponata koja se tamo može vidjeti predstavlja zbirku koja ne pripada samoj crkvi.
S obzirom na to da Crkva Sv. Mihaila produžava kontinuitet kultnog mjesta od ranohrišćanskog perioda preko preromanike i romanike, o čemu, osim istorijskih zapisa, svjedoče i konkretni nalazi djelova arhitekture prvobitnih građevina, kao i vrijedni fragmenti fresko slikarstva iz 11. i 15. vijeka može se reći da je ova crkva pravi reprezent svega onoga što čini crnogorsku kulturnu baštinu jedinstvenom.
