Pošto okupacione srpske vlasti, pod firmom KSHS, nijesu mogle dokazati njegovu krivicu, nakon zatvaranja i robijanja, pušten je na slobodu polovinom 1921. godine, ali je Šćepan Mijušković stalno i posebno, nakon toga, bio pod žandarmerijskom i drugom prismotrom, nadzorom i progonom. Srpskim okupacionim vlastima bio je on trn u oku i one su doninjele i sprovele u djelu odluku o njegovom ubistvu, koje je i izvršeno na svirep i monstruozan način. Njegov ubica bio je zloglasni srpski žandrmerijski kapetan i komandant žandarmerije u Nikšiću Milan Kalabić iz Dervente, sa saradnicima, a on je, Kalabić, već od ranije bio poznat po svojoj zločinačkoj djelatnosti vršenoj sa pozicija vlasti protiv crnogorskog ustaničkog pokreta otpora.
Zbog svirepog i zločinačkog ubistva majora Šćepana Mijuškovića i njegovog bratučeda Stevana Mijuškovića, nekadašnjeg crnogorskog perjanika, koje je izvršeno 21. februara 1924. Godine u Nikšiću, a čiji su izvršioci bili žandarmerijski kapetan Milan Kalabić, Vasilije Grbić i podnarednik Krsto Đurđević i Petar Feralo, u Kraljevini SHS poslanici Crnogorske federalističke stranke Mihailo Ivanović i Milo Dragojević, podnijeli su 11. aprila 1924. godine interpelaciju Ministru unutrašnjih poslova, na koju uopšte nije odgovoreno od strane nadležnih faktora. Ta interpelacija objavljena je u listu »Crnogorac«, zvaničnom organu Crnogorske stranke (federalista), u broju 9. od 21. februara 1925. godine.
Zagrebački list »Hrvat«, broj 1234, od 16. travnja 1924. godine pod naslovom »Krvavi režim. Zločinstva organa vlasti u Crnoj Gori« je u uvodniku integralno objavio pomenutu interpelaciju, kojoj je dao svoj redakcijski komentar, u kome akcentuje da ono što iznijeli crnogorski poslanici Mihailo Ivanović i Milo Dragojević u beogradskoj skupštini jeste »užasna slika krvavog režima, koji su stvorili radikali s Pašićem na čelu«.
Vođa hrvatskog naroda u Kraljevini SHS i lider Hrvatske seljačke stranke Stjepan Radić je, u izjavi povodom ubistva Šćepana i Stevana Mijuškovića i podnošenja navedene interpelacije od strane poslanika Crnogorske stranke o ovome zločinu, u glasilu »Slobodni dom«, broj 18. od 30 travnja 1924. godine, u članku »Crna Gora pod satanskom vladom« naveo i ovo: »I zaista sve ono što su radili i još rade Pribićevićevi batinaši i Pašićevi radikali u Crnoj Gori, to nijesu su zločini samo za interpelaciju ili za službeni progon, nego su to bezboštva, radi kojih treba srušiti i zauvijek onemogućiti čitav ovaj radikalsko-batinaški režim«. Stoga je po ocjeni Stjepana Radića »sada prvi i glavni posao« Hrvata u beogradskom parlamentu i van njega taj da »u zajednici sa ostalima, ruše i obaraju režim kako bi oslobodili Crnu Goru i Makedoniju, a i sami sebe, od ovih strahota, za koje eto nemamo u svom jeziku niti pravoga izraza«.
Povodom masovnih zločina koje je srpski osvajački režim vršio u Crnoj Gori nad crnogorskim narodom Stjepan Radić je u znak prijateljstva i solidarnosti sa potlačenom crnogorskom nacijom uputio jedan direktni proglas (manifest) Crnogorcima, što je konstatovala i beogradska »Politika« u članku »Radić i Crnogorci« u broju 5762 od 10. maja 1924. godine. Utome Radićevom manifestu, objavljenom 1. maja 1924. godine, kojeg su podržali 70 hrvatskih poslanika u parlamentu u Beogradu, protiv srpskih zločina u Crnoj Gori stoji i ovo:
»Braćo Crnogorci!
Mi, Hrvati, imamo na najljepšim stranicama naše književnosti, nazvan Crna Gora, veličanstveni oltar slobode u najčudesnijem hramu božanskog djela. Mi smo vas proglasili, Crnogorci, ne samo predstavnicima ideala herojstva već primjerom nedostižne čestitosti i poštenja. Mi, Hrvati, suzbijamo beogradski centralizam i Pašićevu korupciju ne samo iz ovog razloga već naročito zato što svojim nečistim rukama uništavaju veličanstveni oltar crnogorske slobode, divljački vas progone i đavoljski zlostavljaju. Čak i da ovaj beogradski centralizam nije učinio drugo zlo do da prezire, sramotno i divljački, čast i slobodu Crne Gore i da pretvara Crnu Goru u mjesto na kojem vlada strah i trepet, mi se, Hrvati, nikada nećemo moći pomiriti sa tim groznim zločincima«. U tome proglasu Stjepan Radić poziva Crnogorce da ruše beogradski centralizam »radi toga što svojim poganim rukama razvaljuje veličanstveni žrtvenik crnogorskog naroda i Crnu Goru pretvara u jedno strašno zgarište i grobnicu«.
Poslanik Crnogorske federalističke stranke i bivši ministar u doba suverene Crne Gore Savo Vuletić održao je u Skupštini Kraljevine SHS 27. jula 1925. govor, u kojme je izložio kada, kako i od koga je ubijen major Šćepan Mijušković i njegov krvni srodnik Stevan Mijušković.
U tom govoru Savo Vuletić je naglasio i ovo : »Jednoga dana dolaze šest žandarma u njegovo selo i narede da se spreme: on major Šćepan Mijušković, njegov brat Đorđije Mijušković, potporučnik, njegov bratučed Stevan Mijušković i još nekoliko njihovih rođaka, odnosno, seljaka i da odu na poziv sreskog načelnika na Bogetiće radi nekog dogovora, o opštim stvarima. Svi su oni odmah pošli za tamo. Došavši na Bogetiće, nijesu tu zatekli sreskog načelnika do jedino starješinu žandarmerijske stanice, koji je naredio da idu svi rečeni u zatvor. A na pitanje zašto, odgovorio je starješina stanice, da se pritvaraju po naređenju žandarmerijskog kapetana Milana Kalabića, službom iz Nikšića, kojije pošao za Danilov Grad, a, međutim, nikakvo pisano rješenje nije im o tome saopštio. Poslije toga došli su iz Danilovog Grada dva žandarmerijska oficira rečeni Kalabić i neki Grbić sa oko 20 (dvadeset) žandarma i naredili da se major Mijušković sa drugovima biju, te su ih i bili žandarmi ( po 4 na jednog ) bičevima i kundacima od pušaka sve dotle dok tučeni nijesu iznemogli tako, da se nijesu mogli ni s mjesta da se pokrenu.
Koliko su ovi žandarmerijski oficiri »znali« za »krivicu« majora Mijuškovića i ostalih, najbolje će posvjedočiti, to što je onda drumom prolazilo dvoje momčadi pješivačke i zaustavila se da čuje što se to radi. I žandarmerijski oficiri naredili su, da se i ova dvojica slučajnih prolaznika dovedu i bače i zatvor gdje su bili već rečeni i na mrtvo ime su isprebijani kao i oni. Zatim su ih sve, onako od tuče iznemogle, izveli iz zatvora i na jednom teretnom automobilu odnijeli za Nikšić, gdje su na očigled svijeta bačeni u jedan podrum, poznato memlivo nikšićko mučilište. Tu je nastala nova tuča kesama punim pijeska dok nije Šćepan Mijušković pod udarcima izdahnuo, a malo kasnije i njegov bratučed Stevan Mijušković. Sjutradan zorom mrtvo tijelo Stevana Mijuškovića žandarmi su odnijeli na drum kod Carevog Mosta blizu Nikšića,i stavili mu u džep legitimaciju od istog datuma, da je konfident policije i da je tobože upućen u šumu, da uhodi hajduke. Šćepana su, pak, mrtva bačili u jamu u obližnjem brdu Trebjesi i zatrpali ga kamenom.
Oni koji su odmučenika ostali živi bili su sa slomljenim rebrima i odbijenim bubrezima prenešeni u bolnicu i jedva su pretekli. Narod je sjutradan našao Stevana na drumu, a majora Mijuškovića nijesu mogli naći nego tek poslije 70 (sedamdeset) dana. Nad obojicom je bila izvršena obdukcija od strane ljekarske komisije i utvrđeno je da su bili ubijeni, umoreni tučom. I za sve ovo, gospodo, niko od krivaca nije uziman na odgovornost. Sud Okružni u Nikšiću ispitivao je docnije stvar onih, koji su pretekli u životu i bili u bolnici i oglasio ih je nevinim, odnosno nije bilo ni indicija protivu njih za istragu. No, za istragu i suđenje oficira i žandarma oglasio se rečeni sud nenadležnim. Jer da su žandarmi i njeno starješinstvo pod vojnim sudovima i da bi im vojni sud trebao da im sudi. Vojni sud na Cetinju ispitivao je nešto malo docnije jedog od onih oficira, t. j. kapetana Milana Kalabića i pustio ga. Taj čovjek je i do sada na slobodi i u službi, pa je dobio i avanzman i odličje poslije onog zločina nad Mijuškovićima. Ostali učesnici u njemu do danas nijesu uzimati na odgovornost« [1]- govorio je Savo Vuletić.
(Stenografske bilješke Narodne Skupštine, XL IV redovni sastanak 27. jula 1925. godine 603-605).
Dakle, Šćepan i Stevan Mijušković su uhapšeni, mučeni i ubijeni na svirep i monstrozan način od strane komandanta nikšićke srpske žandarmerije kapetana Milana Kalabića, te Vaslija Grbića, Krsta Đurđevića, Petra Ferala i drugih žandarma pomagača 21. februara 1924. godine. Mrtvo i izmasakrirano tijelo Šćepana Mijuškovića, Milan Kalabić i ostali njegovi pomagači i žandarmi odnijeli su sa mjesta zločina i bačili u jednu jamu na Trebjesi kod Nikšića. Lješ crnogorskog majora Šćepana Mijuškovića pronađen je nakon 72 dana (30. aprila 1924) godine, te je zatim sahranjen u njegovom rodnom mjestu.
